Railsでテーブルを作るときにidカラムは追加せずに、他のカラムをプライマリキーにしたい場合があります。
このような場合は、作成したマイグレーションファイルを修正して対応します。

モデルを作成

$ rails g model hoge code:integer name:string

作成したマイグレーションファイル

class CreateHoges < ActiveRecord::Migration[5.0]
  def change
  create_table :hoges do |t|
    t.integer :code
    t.string :name

    t.timestamps
  end
  end
end

作成したマイグレーションファイルを修正し実行

下記の仕様でマイグレーションファイルを修正します。
- idは不要なのでテーブルにidを追加しないようにする
- codeをプライマリキーにする

class CreateHoges < ActiveRecord::Migration[5.0]
  def change
  create_table :hoges, id: false do |t|
    t.column :code, 'INTEGER PRIMARY KEY NOT NULL'
    t.string :name

    t.timestamps
  end
  end
end

create_tableするときにid: falseを指定するとテーブルにidが追加されなくなります。
プライマリキーに指定したいcodeには'INTEGER PRIMARY KEY NOT NULL'を指定します。

作成したテーブルを確認

修正したマイグレーションファイルを実行し、sqliteで作成されたテーブルを確認すると、
codeがPRIMARYになっていてidは追加されていません。

sqlite> .schema hoges
CREATE TABLE "hoges" ("code" INTEGER PRIMARY KEY NOT NULL, "name" varchar, "created_at" datetime NOT NULL, "upda
ted_at" datetime NOT NULL);


---